內膜異位症的藥物治療
內膜異位症所造成的不孕症，要靠手術、人工授精、試管嬰兒治療。內膜異位症的藥物則只在非不孕的部份：如經痛，性交痛，下腹痛，下背痛等具有療效。子宮內膜異位症的藥物有四類：(一)療得高；(二) 性腺刺激素釋放素類似物或拮抗物；(三)黃體素；(四) 口服避孕藥。療得高是口服男性荷爾蒙，一天服用三至四次。療效和性腺刺激素釋放素類似物相同，但是會有男性荷爾蒙的副作用，如青春痘，水腫，發胖，皮膚粗糙油膩，聲音沙啞，乳房變小，腳抽筋，不規則子宮出血等。停藥後副作用會消失，一般服用三至六個月。性腺刺激素釋放素類似物或拮抗物的作用在於壓制卵巢；卵巢暫停分泌女性荷爾蒙，內膜異位症因此會萎縮。性腺刺激素釋放素類似物或拮抗物沒有男性荷爾蒙的副作用，但是會有更年期的副作用，如熱潮紅，心悸，煩躁，憂鬱，陰道乾澀等。使用超過六個月會有骨質疏鬆。性腺刺激素釋放素類似物有多種製劑，每月打一針或一天噴鼻腔數次均有，一般使用三至六個月‧至於性腺刺激素釋放素拮抗物，目前沒有長效型製劑，必需每日注射，實際上不可行。黃體素也是一種好藥，但是研究較少，使用也較少。黃體素打針或口服均有，會有黃體素的副作用，如皮膚粗糙油膩，不規則子宮出血等‧口服避孕藥用來治療子宮內膜異位症時，不會有月經來潮，且會有假性懷孕的副作用，如噁心，嘔吐，水腫，乳房脹痛等，常常很不舒服，所以很少使用。
內膜異位症的預防
子宮內膜異位症因為是體質的關係，不管開刀或藥物治療都只是治標不治本，很容易再發‧因為無法改變體質，所以預防沒有絕對的效果，不過可以從減少月經回流入骨盆腔著手。輸卵管結紮可以阻斷月經回流；口服避孕藥和經血過多治療劑都可以減少月經量和經血回流量。口服避孕藥用在預防時，吃法就如同避孕目的時一樣，所以會有月經，不同於用於治療時，副作用也較輕，一般人都可以服用。子宮頸或陰道若有狹窄、阻塞，月經血流出會受阻，所以需要予以打通。子宮內避孕器會增加月經量和經血回流量，所以會增加內膜異位症的機會，故不宜使用。
懷孕會改善子宮內膜異位症
懷孕時的荷爾蒙變化，和服用口服避孕藥治療子宮內膜異位症時相似，同樣沒有月經，不舒服的症狀也相似，所以懷孕後子宮內膜異位症會因荷爾蒙變化而改善。子宮內膜異位症不會對懷孕有不良影響，並不會造成胎兒畸形或流產。所以年輕的子宮內膜異位症患者，應該要早點結婚懷孕，不要避孕。
